Часте використання клізми може викликати звикання кишечника до частої стимуляції, внаслідок чого можуть виникнути проблеми з випорожненням від калових мас. Ця процедура може порушити баланс корисної мікрофлори, що знаходиться в кишечнику через її змивання зі слизовою оболонкою, а також надмірне її пересушування.