З точки зору внутрішнього компонування різниця між iPhone 6 та iPhone 6s малопомітна, проте інше розташування гвинтів робить корпуси для цих пристроїв не взаємозамінні. Цей факт, звичайно, трохи ускладнює ремонт, проте для моддінгу подібні обмеження не є проблемою.
Відмінність полягає в наявності нового роз'єму у дисплея iPhone 6s у верхньому лівому кутку. Також екран нового смартфона трохи товстіший, що обумовлено наявністю технології Force Touch, що забезпечує чутливість до сили натискання.
Важливе відмінність iPhone 6 від 6s – процесор айфон 6 – Apple A8, 1,4 ГГц, 2 ядра, 6S – Apple A9, 2 ГГц, 2 ядра. Це означає, що тактова частота процесора айфона 6S на 30% вище, ніж у «шістки» в сукупності з іншими параметрами продуктивність потужніша, ігрові характеристики вищі.