За певних обставин (наприклад, збоїв імунітету) вірус Епштейна-Барр може спровокувати розвиток тяжких захворювань, у тому числі деяких видів раку. Насамперед ВЕБ завдає шкоди лейкоцитам – клітинам крові, що у імунних реакціях.