При застосуванні нейролептиків спостерігалися випадки тромбоемболії, включаючи тромбоемболію легеневої артерії (іноді фатальні) та випадки розвитку тромбозів глибоких вен. Гіперпролактинемія, яка може призводити до аменореї, галактореї, гінекомастії, імпотенції, фригідності. Збільшення маси тіла. Порушення терморегуляції.
Нейролептики групи похідних фенотіазину здатні дозозалежно подовжувати інтервал QT, що може збільшувати ризик розвитку тяжких шлуночкових порушень ритму, включаючи небезпечну для життя двонаправлену шлуночкову тахікардію типу "пірует", та раптову смерть.
До основних побічних ефектів нейролептиків відносять: Нейролептичний синдром. Причиною його появи є екстрапірамідні порушення. Підвищується м'язовий тонус, рухи стають сповільненими та скутими, можлива невиразна мова. Пацієнтів може турбувати непосидючість на місці.
Як побічні ефекти можуть зустрічатися і ендокринні порушення. Буває, що спостерігається ожиріння, збільшення ваги, зміна апетиту, маси тіла. У пацієнтів-жінок може наступати аменорея. Також серед побічних ефектів часто зустрічаються проноси, запори, складнощі із сечовипусканням.