Відмінність МРТ від КТ Комп'ютерна томографія (КТ) найкраще сприймає кісткові структури. Тому КТ добре використовуватиме визначення кісткових травм і різних ушкоджень. На МРТ добре видно м'які тканини: м'язи, судини, хрящі, спинний та головний мозок.

КТ є кращим методом діагностики при захворюваннях грудної клітки, кісток таза, черепа та хребта. МРТ хребта дає можливість добре візуалізувати спинний мозок, м'які тканини, грижу міжхребцевого диска.

За знімками КТ не можна оцінити міжхребцеві грижі, для їх достовірної діагностики роблять МРТ хребта. Також МРТ-діагностика краще при протрузіях, синовітах і стенозах, не асоційованих з остеофітами.

Магнітно-резонансна томографія більш інформативна при необхідності візуалізації м'яких тканин. На відміну від КТ, вона краще виявляє причину болю внаслідок змін у міжхребцевих дисках та спинному мозку. Навіть без введення розмаїття МРТ відображає патологічні вогнища у м'язах та зв'язках спини.