Незважаючи на єдність загального плану, будова еукаріотичної клітини різних царств організмів має деякі відмінності. Рослинні клітини не містять лізосом та клітинного центру. Клітини тварин та грибів характеризуються відсутністю пластид та вакуолей. Клітинна стінка грибів містить хінін, а рослин целюлозу.
Відмінності у будові обумовлені різним способом життя цих організмів, різницею в отриманні поживних речовин та енергії, походження та основному призначенні.
Подібності всіх цих клітин полягають в тому, що вони мають клітинну оболонку, цитоплазму і різні клітинні структури – органели. Кожен клітці характерні властивості живого. Відмінності полягають у способі харчування, певних органелах, складі цитоплазми та клітинної стінки.
Подібності обумовлені тим, що це живі організми походять від одного організму. Клітинна структура й у семи царств живої природи. Відмінності пов'язані з тривалою еволюцією. Організми отримували мутації та нові пристосування.