Випадки появи або посилення аутоімунних захворювань, пов'язані з прийомом спіруліни, вже зафіксовано. Вони дуже рідкісні. Проте людям з аутоімунними хворобами — вовчаком, ревматоїдним артритом, аутоімунним тиреоїдитом та іншими подібними недугами – варто уникати добавок з спіруліною.
Існують захворювання, при яких вживання спіруліни протипоказано. Цю водорість заборонено приймати при аутоімунних захворюваннях. Вона посилює перебіг вовчаку, артриту, розсіяного склерозу та інших захворювань, пов'язаних з гіперфункцією імунної системи.
Основний ризик, пов'язаний із вживанням спіруліни, являє собою можливу низьку якість водорості та наявність у ній шкідливих домішок. Коли спіруліна вирощується просто неба в штучних басейнах, до неї потрапляють атмосферні опади, важкі метали та інші шкідливі речовини.