У тонкій кишці відбувається остаточне розщеплення речовин до простих сполук і всмоктування продуктів, що утворилися в кров і лімфу. З білків утворюються амінокислоти, зі складних вуглеводів – глюкоза, та якщо з жирів – гліцерин і жирні кислоти.

Всмоктування харчових речовин починається у травному тракті досить рано: трохи в роті під впливом слини, значна частина при русі по дванадцятипалій кишці, а найбільша частина всмоктується у відділі тонкої кишки, що називається худою кишкою.

Найбільше поглинається органічних речовин у тонкому кишечнику. Амінокислоти та глюкоза потрапляють у кров. Жирні кислоти та гліцерин (продукти розпаду жирів) надходять у лімфу. Всі ці речовини розносяться по організму та потрапляють у різні тканини та органи.

У травному тракті поживні речовини за допомогою ферментів гідролітично розщеплюються на фрагменти, які потім всмоктуються насамперед у тонкому кишечнику.