Власники цінних паперів можуть передавати цінні папери на зберігання спеціалізовані сховища для цінних паперів – депозитарії. Депозитарії можуть бути організовані як самостійні організації або функціонувати як підрозділи кредитно-фінансових установ та інвестиційних інститутів.
Депозитарій веде облік цінних паперів відповідно до вимог, встановлених законодавством Російської Федерації, у тому числі нормативними актами Банку Росії, та Базовим стандартом.
Професійний учасник ринку цінних паперів, що здійснює депозитарну діяльність, називається депозитарієм, чи «спецдепозитарієм». Особа, яка користується послугами депозитарію за зберігання цінних паперів та/або обліку прав на цінні папери, називається депонентом.
Депозитарій зберігає інформацію про угоди та фіксує перехід прав на активи від одного інвестора до іншого. Інвестор у будь-який момент може звернутися до цієї компанії, запросити інформацію про свої активи та підтвердити, що він дійсно володіє цінними паперами, а також дізнатися про всі операції по рахунку депо.