Глікоген у м'язах використовується для забезпечення роботи самих м'язів, А глікоген у печінці призначений для підтримки постійної концентрації глюкози в крові, яка важлива, в першу чергу, для нормальної роботи мозку, який не має власних запасів енергії.
Глікоген м'язів служить резервом енергії і бере участь у регуляції рівня глюкози у крові. У м'язах відсутня глюкозо-6-фосфатаза, тому глікоген м'язів не може бути джерелом глюкози у крові. З цієї причини коливання змісту глікогену в м'язах менше, ніж у печінці.
Глікоген печінки в основному постачає глюкозу в кровотік під час періодів голодування, а той, що зберігається в скелетних м'язахзабезпечує глюкозою м'язові волокна під час фізичного навантаження.
Глікоген утворює енергетичний резерв, який може бути швидко мобілізований за необхідності заповнити раптову нестачу глюкози. Глікогеновий запас, однак, має меншу енергетичну цінність, ніж запас тригліцеридів (жирів).