Функція лізосом – перетравлення харчових частинок, що надійшли в клітину, розщеплення складних органічних сполук до простих. Лізосоми знищують також непотрібні клітини органоїди та речовини. У деяких випадках під дією лізосом відбувається руйнування і самої клітини, де вони містяться.