Окремий випадок просторової ізомерії – геометрична або цис-транс-ізомерія. Вона характерна для з'єднань з кратними зв'язками та циклічних з'єднань. Такі ізомери мають різні фізичні та хімічні властивості. У кожного атома вуглецю повинні бути різні заступники, інакше такий вид ізомерії не має сенсу.
Для алкенів можлива структурна та просторова ізомерія. Просторові ізомери мають однакову послідовність з'єднання атомів та однакове положення подвійного зв'язку, але різняться просторовим розташуванням атомів у молекулі.
Для алканів характерна ізомерія вуглецевого скелета (наприклад, бутан і 2-метилпропан) та поворотна, через здатність сигма-зв'язку обертатися.
міжкласова. Іноді під однією формулою ховаються речовини різних класів. Такими ізомерами є алкіни та алкадієни, алкени та циклоалкани, спирти та прості ефіри, альдегіди та кетони, складні ефіри та карбонові кислоти.