Основним резервуаром вірусу кліщового енцефаліту в природі є його головні переносники, іксодові кліщі, ареал проживання яких знаходиться по всій лісовій та лісостеповій помірній кліматичній зоні Євразійського континенту (мапа).

Основними переносниками вірусу є кліщі роду Ixodes (persulcatus, ricinus), Dermacentor (marginatus, reticulatus), Hyalomma (plumbeum, asiaticum). Найбільш епідеміологічно важливими у поширенні кліщового енцефаліту можна виділити Ixodespersulcatus (тайговий кліщ).

Основний резервуар та переносник ВКЕ – іксодові кліщі Ixodes persulcatus, Ixodes ricinus. Додатковим резервуаром є ссавці та птиці: Гризуни (бурундук, польова миша, заєць).

Люди та тварини заражаються енцефалітом через укуси іксодових кліщів. Кліщ переносник вірусу кліщового енцефаліту. Ixodes persulcatus, самка.