Очолював колегію президент. Він головував на засіданнях присутності. Крім президента до складу присутності входили віце-президент, радники та асесори (преамбула, гл. VIII).
11 (22) грудня 1717 р. було видано царський указ «Про штат Колегій і про час відкриття оних», який започаткував реформу центральних органів управління. Очолювали колегії президенти та віце-президенти.
Комерц-колегія була створена Петром Першим у 1716 році. Спочатку нею керував Апраксин, але після того, як указом від 1717 року затверджувалися керівники, керуючим був поставлений Толстой Петро Андрійович (1718–1722). Наступним президентом затвердили Бутурліна Івана Федоровича, який обіймав посаду з 1722 по 1725 роки.
Колегії – Центральні адміністративні органи, створені Петром I з 1717 по 1722 роки, для заміни наказів (застарілої системи виконавчих органів). Основою регламенту колегій послужило шведське законодавство, а сама система побудована на основі досвіду її функціонування у Німеччині та Швеції.