Після втечі, Ілай перемістився до Східної Чорної Мези, де він узяв участь у заснуванні місцевого відділення Опору та очолив комплекс. У цей період він також втратив ногу у сутичці з буллсквідом, допомагаючи Кляйнер перебратися через бар'єр в Сіті 17.
У фіналі Фрімен потрапляє на батьківщину загарбників, світ Зен, і перемагає верхівку місцевої ієрархії – монстра Ніхіланта. Закінчується все появою загадкового Джимена — чи то спостерігач, чи то покровитель, чи потенційний роботодавець головного героя.
Лікар Ілай Венс – Фізик і дослідник, афроамериканець, на вигляд 50-60 років з коротким сивим волоссям, бородою та вусами.