У шостому сезоні Бреннан нарешті розуміє, що вона дарма відмовила Буту, але він уже закохався у журналістку Ханну, з якою Бреннан згодом потоваришувала. Після розриву з Ханною (у 13 серії 6 сезону вона відмовилася виходити за Бута заміж), у 16-й серії Бут та Бреннан домовляються бути разом.
У передостанній серії шостого сезону вони проводять разом ніч, після чого вже у 23-й серії Кості повідомляє напарнику, що чекає від нього дитину. На початку сьомого сезону дуже вагітна Бреннан і Бут знаходяться у стосунках і ходять туди-сюди між квартирами.
Але коли Грейсон нарешті погоджується підписати папери на розлучення, Кем спить з ним і злить Енджелу, що робить її стосунки з Ходжинсом дуже тендітними. Незабаром після цього Ходжинс і Енджела порвали свої стосунки, бо Ходжинс не довіряв Енджелі і навпаки.