Походження Лишайники погано зберігаються у викопному вигляді та їх скам'янілостей відомо дуже мало. Найдавніші відомі (на 2012 рік) викопні залишки лишайників, анатомічно подібних до «просунутих» сучасних видів, знайдені в ранньодевонських (близько 415 млн років тому) відкладеннях Шропшира (Англія).
Лишайники виникли внаслідок мутуалізму представників різних царств. Тіло лишайника складається з густого сплетення грибних ниток та розкиданих між ними клітин водорості.
Лишайники першими заселяють мляві ділянки і поступово перетворюють їх на придатні для заселення іншими організмами. Їх таллом виділяє спеціальні лишайникові кислоти, які повільно руйнують гірські породи.
Перші згадки про лишайниках трапляються у Теофраста. Початком ліхенології прийнято вважати 1803, коли шведський учений Ерік Ахаріус (1757-1819), учень Карла Ліннея, опублікував свою працю "Methodus qua omnes detectos lichenes ad genera redigere tentavit" (лат.)