Терапевтичний ефект біфідумбактерину визначають живі біфідобактерії, що містяться в ньому, що володіють антагоністичною активністю проти широкого спектру патогенних і умовно-патогенних мікроорганізмів і тим самим нормалізують мікрофлору кишечника.