Порівнювати ЕКО та ІКСІ щодо ефективності недоцільно. Протоколи ЕКЗ загалом спрямовані на вирішення проблеми безплідності. Метод ІКСІ застосовують, якщо стандартний процес запліднення не дає результатів. Середній показник ефективності ЕКЗ знаходиться в межах 30-40% на цикл.