Найважливіша і важлива відмінність SEO від контекстної реклами полягає в наступному: SEO спрямоване на покращення "автономної" видимості ресурсу, тому робота ведеться із самим сайтом. Контекстна реклама спрямовано ефективність оголошення, тому робота ведеться з рекламної кампанією.