Шунгіт має поліфункціональні сорбційні властивості і дозволяє видаляти з води бактеріальні клітини та низькомолекулярні домішки мікробіологічного походження фаги, а також органічні речовини та фосфор. Відзначено його активність по відношенню до банальних та патогенних сапрофітів, і найпростіших.