Досі не з'ясовано, що саме провокує розвиток захворювання. Неправильна дієта та стрес можуть призвести до загострення хвороби, але не є першопричиною. У деяких випадках поява перших симптомів пов'язують із прийомом нестероїдних протизапальних препаратів: ібупрофену, диклофенаку та інших.

Раніше вважалося, що причинами є похибки в дієті та стреси, але тепер лікарі знають, що, хоча ці фактори і можуть посилити перебіг хвороби Крона, Не викликають її. Наразі доведено, що такі фактори, як спадковість та збій у роботі імунної системи, відіграють головну роль у розвитку хвороби Крона.

Хвороба не передається від людини до людини і має певний відсоток генетичної схильності. Страждають хворобою, як чоловіки, і жінки переважного середнього віку, які у середніх широтах. Іноді захворювання виявляється у дітей.

Поразка кишечника починається із запалення складок (крипт), на яких формуються невеликі «гнійники». Далі на їхньому місці утворюються афти – дрібні виразки. Запалення захоплює дедалі глибші шари кишкової стінки, вражаючи її товщу, т.к.