Генотип, на відміну поняття генофонд, характеризує особина, а чи не вид. У вужчому сенсі під генотипом розуміють комбінацію алелей гена чи локусу в конкретного організму. Процес визначення генотипу називають генотипуванням.
Генотипування проводиться шляхом визначення однонуклеотидних поліморфізмів методом KASP (Competitive Allele Specific PCR). Метод генотипування KASP заснований на конкурентній аллель-специфічній ПЛР та дозволяє визначити в обох алелях однонуклеотидний поліморфізм, а також вставку або делецію специфічної ділянки.
Визначити генотип можна за допомогою генетичного аналізу.