В оболонці є численні пори, через які в ядро з цитоплазми надходять іони, нуклеотиди, білки, АТФ, а з ядра виходять в цитоплазму частки рибосом та молекули РНК.
У ядро і із ядра білки транспортуються через ядерні пори. Через ядерну пору може одночасно транспортувати до 500 макромолекул в обох напрямках. Білки (пептиди) з молекулярною масою до 5.000 дальтон вільно дифундують через ядерні пори (так що їх концентрація в цитоплазмі та в ядрі однакова).
Обмін макромолекул, таких, як білки та РНК, між ядром та цитоплазмою здійснюється через ядерні пори (Діаметр приблизно 7 нм), утворені білковим комплексом. Пори регулюють транспорт через ядерні мембрани. Пептиди та невеликі білки, наприклад гістони, здатні легко проникати у ядро.