Геном Drosophila melanogaster містить 4 пари хромосом: пара X/Y і три аутосоми, що маркуються як 2, 3 і 4. Четверта хромосома дрібна, точкоподібна; X (або перша), 2 і 3 хромосоми – метацентричні. Геном складається з приблизно 132 мільйонів пар основ і містить приблизно 13767 генів.
У мухи, як і більшість комах 8 хромосом. У порівнянні з людиною це досить мало, але в деяких комах їх менше.
Для статевих клітин тварин та інших організмів характерний гаплоїдний набір хромосом (n). Оскільки в гаметах (гаплоїдний набір хромосом) плодової мушки дрозофіли міститься 4 хромосоми (n=4), то в соматичних клітинах (диплоїдний набір) дрозофіли — 8 хромосом (2n = 2х4 = 8).
У статевий клітці дрозофіли є гаплоїдний набір хромосом (n), оскільки вони виробляються в результаті мейозу – редукованого поділу. Підсумуємо, в статевий клітці дрозофіли міститься 4 хромосоми, а неполовий — 8.