Як ми вже сказали, у «Чистому небі» тільки одна кінцівка і є приквелом «Тіні Чорнобиля».
S.T.A.L.K.E.R.: Чисте небо – єдина гра в серії, в якій є лише один варіант кінцівки. Можливо, це пов'язано з тим, що «Чисте небо» є передісторією гри S.T.A.L.K.E.R.: Тінь Чорнобиля.
Всього в грі сім кінцівок: дві справжні та п'ять помилкових.
Шрам і «Чисте небо» Шрам вів групу вчених через Болота на Агропром, але несподівано прогримів викид. Вчені загинули, проте найманець вижив. Він був знайдений на півночі Болот сталкерами угруповання «Чисте небо».