Можливе поєднання ректального (у вигляді високих клізм) та перорального (через рот) застосування препарату. Курс лікування 5-15 днів. При рецидивному перебігу захворювання можливе проведення повторних курсів лікування.
У випадках неприборканого блювання препарат застосовують у вигляді високих клізм (через газовідвідну трубку або катетер) щодня одноразово в дозі 5-10 мл. Можливе поєднання ректального (у вигляді високих клізм) та перорального застосування препарату. Курс лікування 7-15 днів (за клінічними показаннями).
За необхідності тривалість курсу лікування можна, можливо збільшити ще на 2-3 дні. Дітям віком до року Інтесті-бактеріофаг призначають по 5 мл, від 3-х до 8-ми років – 20 мл, дітям старше 8-ми років і дорослим – по 30-40 мл на прийом 3-4 рази на добу. Протипоказань до застосування "Інтесті-бактеріофагані.
При лікуванні омфаліту, піодермії, інфікованих ран бактеріофаг застосовують у вигляді аплікацій по 5-10 мл 2-3 рази на день (марлеву серветку змочують бактеріофагом і накладають на пупкову ранку або уражену ділянку шкіри протягом 7-15 днів.