Революційна діяльність Вів пропаганду у гуртках ремісничих та фабричних учнів. У липні 1897 року був заарештований за доносом і ув'язнений до Ковенської в'язниці, де пробув майже рік. В 1898 висланий на 3 роки під нагляд поліції у Вятську губернію (місто Нолінськ).
Останні роки прожив із сім'єю у своєму маєтку Дзержинове (нині Столбцівський район Мінської області). Едмунд Дзержинський помер 1882 року від туберкульозу. Похований на сільському цвинтарі, поряд зі своїм маєтком.
Сам же Дзержинський знав три іноземні мови, одним із яких був і російський, на якому він говорив без акценту і грамотно писав (рідним для нього був польський).