Активна фаза бойових дій тривала з 1999 по 2009 рік, потім, у міру встановлення контролю Збройними силами Росії над територією Чечні, перейшла у відання місцевих чеченських сил самоврядування та самооборони. З 0 години 16 квітня 2009 року режим КТО скасовано.
Контртерористична операція (КТО) на території Чечні була оголошена невдовзі після цього у вересні 1999 року. Активна фаза бойових дій тривала до кінця лютого 2000 року і завершилася зі взяттям федеральними силами під контроль Шатойського району Чечні.
Згідно з офіційними даними, з 1 жовтня 1999 року по 23 грудня 2002 року загальні втрати федеральних сил (всіх силових структур) у Чечні склали 4572 особи вбитими та 15 549 пораненими.
Загалом безповоротні втрати федеральних сил становлять 5732 особи, у тому числі 3860 військовослужбовців Збройних Сил РФ та 1872 особи від МВС та інших відомств.