Епіфіз розташований у геометричному центрі головного мозку. Він регулює циркадні ритми — цикли сну та неспання, пригнічує статеві гормони. Примітно, що у дорослої людини епіфіз важить всього 0,1 грама.
Такі кісти найчастіше є безсимптомними. Кісти великих розмірів (>15 мм у діаметрі) можуть викликати неврологічну симптоматику.
Зовні епіфіз виглядає як маленька горошина, схожа на соснову шишку сірувато-червоного кольору з бугристою поверхнею, за що він і отримав свою другу назву – шишкоподібна залоза (або шишкоподібне тіло corpus pineale). Розміри залози не перевищують 10х6х3 мм.
Кіста шишкоподібної залози буває вродженою, але в більшості випадків з'являється внаслідок закупорки протоки, через яку виходить мелатонін, утворення ехінококових капсул, травм, аутоімунних захворювань, гормональних збоїв та ін.