Джерелом завжди служить хворий людина чи безсимптомний вірусоносій. Виділення збудника в довкілля (період «заразності») триває: 3-7 днів (З моменту зараження) з носоглотки, і 3-4 і більше тижнів – з фекаліями.
Дуже важливим є питання, скільки часу заразний хворий дитина при вірусі Коксакі. Найнебезпечніший період – 2-3 доби після Поява перших ознак. Надалі дитина може залишатися заразним ще тривалий час, навіть кілька років. У середньому вірус знаходиться у травному тракті 10-21 день.
Вірус Коксакі виявляється у стільці інфікованих дітей протягом 6 тижнів. Ступінь їх заразності зменшується протягом цього періоду, проте педіатри прийшли до думки, 10-14 днів достатньо для того, щоб дитина могла ходити до школи або садок.