Файлові системи NTFS та FAT32 відрізняються таким чином: Файлова система FAT32 не дозволяє зберігати окремі файли розміром більше 4 ГБ, а система NTFS дозволяє. У порівнянні з системою FAT32 файлова система NTFS більш ефективно використовує диск і керує дисковим простором.
Файлова система FAT має перевагу перед NTFS у цьому, що вона сумісна з багатьма операційними системами. Більше того, багато інших пристроїв, таких як цифрові камери та MP3-плеєри, також використовують FAT32. На відміну від неї, NTFS підтримується лише операційними системами Windows.
NTFS ідеально підходить для внутрішніх накопичувачів, у той час як exFAT зазвичай ідеально підходить для флеш-накопичувачів. Однак, іноді може знадобитися відформатувати зовнішній диск за допомогою FAT32, якщо exFAT не підтримується на пристрої, з яким його потрібно використовувати.
Каталог NTFS є файлом, який зберігає посилання на інші каталоги та файли. Це дозволяє розділяти права доступу до файлів та директорій для різних користувачів. NTFS має можливість шифрування даних лише на рівні всієї файлової системи. До того ж NTFS більш стійка у роботі, ніж FAT32.