Вона розповідає про чотирьох антропоморфних братів-черепах — Леонардо, Донателло, Мікеланджело і Рафаеля, які навчилися ніндзюцу і борються зі злом у їхньому рідному місті. Нью-Йорку.
Збожеволілий Бакстер Стокман не зміг отримати Фуджітоїда і підірвав себе разом з ворогами: сам учений отримав жахливі опіки, проте черепашка з другом не пережили вибуху. Донателло і Сплінтер спробували укласти з Хірото перемир'я, але були віроломно атаковані ніндзя і загинули під градом стріл.
Леонардо — названий на честь великого художника Відродження Леонардо да Вінчі черепашка, що носить синю пов'язку, і б'ється за допомогою двох катан. Зазвичай представлений як найстарший брат та лідер команди Черепашок ніндзя, обраний Сплінтером.
Геніальний інтелект – Донателло найрозумніший із усієї команди Черепашок-ніндзя. Його IQ десь між 150 та 190.