Виконання біопсії потрібне при підозрі захворювання, діагноз якого може бути встановлено достовірно чи повноцінно з допомогою інших методів дослідження. Зазвичай такими захворюваннями є онкологічні (пухлинні). Однак сьогодні біопсія широко застосовується у діагностиці непухлинних захворювань.