При цьому захворюванні відбувається переродження тканини слизової оболонки стравоходу і це є фактором ризику розвитку раку стравоходу. Кількість пацієнтів, у яких розвивається стравохід Барретта, є відносно невеликою, близько 10% з ГЕРХ, і тільки у 0,5% з них протягом року розвивається рак стравоходу.