Церква боролася з єретиками завжди досить активно та жорстоко. У Римо-католицькій церкви для боротьби з єрессю існувала сумнозвісна інквізиція, де людей катували в катівнях і спалювали на багаттях. Але не менш жорстоко поводилися з єретиками та на Русі. Їх також спалювали, переслідували, катували.
Католицька церква боролася з інакодумцями, тобто єрессю, у різний спосіб. По перше, католицькі церковнослужителі написали безліч праць, де засуджувалося інакомислення, а католицька віра була єдино правильна. Тим самим церква намагалася відбити бажання у населення повірити щось інше.
Підсумками цієї боротьби була реформа в самій католицької церкви, посилення її впливу у Польщі та Франції, організація духовних семінарій та нових орденів. Однак мінусом для неї став вихід багатьох країн з-під духовної опіки Папи, і втрата їм політичного впливу у світі.