Матрікс – Обмежений внутрішньою мембраною простір. У матриксі (рожевій речовині) мітохондрії знаходяться ферментні системи окислення пірувату, жирних кислот, а також ферменти циклу трикарбонових кислот (циклу Кребса).
Внутрішня мембрана складається з безлічі складок, звані кристи, які значно збільшують поверхню мембрани і розбивають внутрішній простір мітохондрії на компартменти. Між собою кристи поєднуються особливими перемичками білкової природи, які допомагають підтримувати їхню форму.
Кристи (од. ч. криста) – це складки внутрішньої мембрани мітохондрій.
Ще однією унікальною особливістю мітохондрії є наявність власної ДНК (мітохондріальна ДНК), причому успадковується вона лише матері.