Перед дослідженням необхідно виключити прийом проносних препаратів, введення ректальних свічок, масел, обмежити прийом медикаментів, що впливають на перистальтику кишечника (беладонни, пілокарпіни та ін.) та на забарвлення калу (заліза, вісмуту, сірчанокислого барію), протягом 72 годин до здачі калу.
Після дефекації відібрати пробу калу в кількості 5-10 г (одна чайна ложка, але не більше 1/3 об'єму контейнера) і закрити кришкою. Слідкуйте, щоб кришка контейнера була добре загвинчена. До відправки биоматериал повинен зберігатися у холодильнику за нормальної температури +2… +8°С.
На результати аналізу можуть впливати препарати/БАД багаті кальцієм, магнієм і цинком, а також проносні засоби; Кальпротектин підвищений при харчовій алергії, наприклад, до коров'ячого молока (Carroccio et al., 2011), муковісцидозу (Lee J.M/et al., 2012), дивертикуліту (Tursi A.).
За 48 годин до дослідження виключити алкоголь. Не можна збирати кал під час або протягом 3 днів після менструального періоду, також не можна здавати кал у разі гемороїдальних кровотеч або за наявності крові у сечі.