Вбивство сталося у 21 серії аніме. У цьому епізоді Кадзі зрадив SEELE, рятуючи Кодзо Фуюцукі з-під варти. І це незважаючи на те, що саме йому SEELE наказали викрасти заступника командувача NERV.
Кадзі вбито (не показано) наприкінці Епізоду 21 невідомим стрільцем. На питання про особу вбивці режисер Кадзуя Цурумакі заявив, що це був невідомий інформатор, з яким Кадзі взаємодіяв; це точно були не Місато чи Ріцуко.
Гендо. Він хотів бути єдиним поголеним працівником НЕРВ. Фуюцукі. Йому дуже сподобалися кайданки, і він застрелив Кадзі за те, що той забрав їх.