Дорослим та дітям старше 12 років препарат рекомендується приймати по 5 доз 2-3 рази на день. Тривалість курсу лікування визначається тяжкістю клінічної картини, результатами бактеріологічних та інших досліджень, віком хворого та становить 2-4 тижні, а в окремих випадках до 3-х місяців.
Необхідну кількість доз (відповідно чайних ложок) приймати за 20-30 хв. до їжі. Грудним дітям препарат можна давати безпосередньо перед годуванням.
Біфідумбактерін при кишкових захворюваннях застосовують внутрішньо, а в акушерсько-гінекологічній практиці інтравагінально. Вміст флакона розчинити кип'яченою водою кімнатної температури із розрахунку 5 мл (чайна ложка) води на 1 дозу препарату.
Дітям старше 3-х років та дорослим при гострих та хронічних запальних захворюваннях тонкого та товстого кишечника (ентероколітах та колітах) рекомендується приймати по 1 капсулі (5 доз) 2-3 рази на день. У тяжких випадках захворювання доза може бути подвоєна.