Препарат приймається за 20-30 хвилин до їди або через 1-1,5 години після їди.. Грудним дітям препарат можна давати безпосередньо перед годуванням. При гострих кишкових захворюваннях дітям першого року життя препарат призначають по 5 доз (вміст однієї капсули) на прийом 2 рази на день.
Необхідна кількість доз (відповідно чайних ложок) приймати за 20-30 хв до їжі. Грудним дітям препарат можна давати безпосередньо перед годуванням.
Звичайна доза для дорослих становить по 2 капсули або по 2 пакетики 2-3 рази на добу; для дітей віком 3 років і старше – по 1 капсулі 3-4 рази на добу, у віці 1 року і старше – по 1 пакетику 3-4 рази на добу, у віці до 1 року – по 1 пакетику 2-3 рази/ добу.
Біфідумбактерін при кишкових захворюваннях застосовують внутрішньо, а в акушерсько-гінекологічній практиці інтравагінально. Вміст флакона розчинити кип'яченою водою кімнатної температури із розрахунку 5 мл (чайна ложка) води на 1 дозу препарату.