Препарат застосовують щодня 1 раз на добу. При кандидозі слизових оболонок рекомендована доза флуконазолу становить 3 мг/кг на добу. У перший день може бути призначена ударна доза 6 мг/кг з метою швидшого досягнення рівноважних концентрацій.