Бронхоскопія проводиться у положенні сидячи. Лікар вводить ендоскоп у дихальні шляхи під контролем зору, поступово оглядаючи нижчележачі відділи трахеобронхіального дерева з обох боків. Апарат зазвичай вводиться через носовий хід, але в деяких випадках може бути введений у дихальні шляхи та через рот.
Гнучкий бронхоскоп має низку переваг: дозволяє досліджувати нижні ділянки бронхів, відрізняється незначною травматичністю, не потребує загальної анестезії. Цей різновид процедури застосовується тільки в діагностичних цілях.
Бронхоскопія Гнучкий ендоскоп зазвичай триває десь від 45 хвилин до 1 години.
Бронхоскопію робити не боляче, оскільки застосовується загальний чи місцевий наркоз.