Негативне вплив на згортання крові Спіруліна має антикоагулянтну дію, що означає, що вона може розріджувати кров і збільшувати час, необхідний її згортання. Згортання допомагає запобігти надмірному кровотеча або синці при травмі.
Існують захворювання, при яких вживання спіруліни протипоказано. Цю водорість заборонено приймати при аутоімунних захворюваннях. Вона посилює перебіг вовчаку, артриту, розсіяного склерозу та інших захворювань, пов'язаних із гіперфункцією імунної системи.
Основний ризик, пов'язаний із вживанням спіруліни, являє собою можливу низьку якість водорості та наявність у ній шкідливих домішок. Коли спіруліна вирощується просто неба в штучних басейнах, до неї потрапляють атмосферні опади, важкі метали та інші шкідливі речовини.