У народній медицині запашну руту широко застосовують у вигляді чаїв, зборів, настоїв і настоянок як всередину, так і зовнішньо. Настій трави рути використовують як дезінфікуючий засіб для промивання очей при кон'юнктивітах. При запаленні повік та шкірних висипаннях використовують відвар трави для компресів та примочок.