9 січня 1992 року перетворено на Республіку Каракалпакстан. 1993 року підписано міждержавний договір строком на 20 років про входження Республіки Каракалпакстан до складу Узбекистану. У договорі закріплено право виходу автономної республіки з Узбекистану шляхом референдуму.

Каракалпаки входили до складу Хівінського ханства до початку XX століття. Після його скасування Каракалпакія була перейменована радянською владою на Каракалпакську АРСР, яка у 1936 році увійшла до складу Узбецької РСР. Після здобуття Узбекистаном Незалежності Каракалпакію було перейменовано в Республіку Каракалпакстан.

Толстов, найдавнішими предками каракалпаків були сако-масагетські племена апасіаків (VII—II ст. до н. е.). Надалі відбувалося включення до складу цих племен гунів, хіонітів та тюркських племен VI-VIII століть.

КАРАКАЛПАКИ (самоназва), народ в Узбекистані, корінне населення Каракалпакії. За даними Перепису населення 2002 року у Росії живе 2 тисячі каракалпаків. За даними Перепису 2010 року – 1466. Живуть також у Ферганській та Хорезмській областях, у Туркменії, Казахстані, Афганістані.