Інститут знищує Придвен і «Підземку».Інститут
- Інститут і мінітмени стають ворогами — якщо під час квесту «У пастці» вбити представників мінітменів.
- Інститут і мінітмени стають союзниками — якщо Той, хто вижив, будучи генералом мінітменів, скаже під час квесту «У пастці» про союз між організаціями.
Врятувати ніяк не можна. Мінімальні збитки фракціям лише наприкінці за Мінітменів (буде знищено Інститут, а Братство Сталі та Підземка залишаться живими та лояльними до протагоніста).
Якщо вбити Батька під час розмови на руїнах Інституту у квесті «Вигнання» з'явиться завдання «Повернутися до Інституту». Телепортувавшись туди, герой опиниться в замкненій кімнаті телепорту, де з ним зв'яжеться один із вчених і звинуватить його у вбивстві Батька.