Серед ссавців основними природними ворогами малого ховраха є лисиця, корсак, степовий тхір, перев'язка. З пернатих хижаків – степовий орел, курганник та орел-могильник, у харчуванні яких ховрахи грають першорядну роль.
Раціон Харчуються ховрахи надземними та підземними частинами рослин, завжди неподалік нір. Деякі види вживають і тварини корми, зазвичай, комах. Роблять значні запаси їжі з насіння трав'янистих рослин та зерен хлібної злаки (не всі види).
Від бабаків ховрахи відрізняються тим, що живуть завжди в степах, як у південних, так і північних трав'янистих, тим часом як бабаки мешкають у місцях гористих, кам'янистих, порослих травою і мають, по крайнього заходу у глибині, грунт кам'янистий. Також ховрахи ніколи не збираються, подібно бабакам, товариствами близько своїх нір.