Коріння дрібні, численні, мочкуваті. Надземні пагони вкорочені. За низовим листям слідують два (рідко три) великі, цілком цілі широколанцетні (або довгасто-еліптичні) загострені прикореневі листки, між якими на верхівці кореневища знаходиться велика нирка.
Коренева система в якій немає головного кореня, а є велика кількість придаткових, називається мочкуватою. Така коренева система у багатьох рослин: конвалія, конюшини, жовтця, горобини, манжетки.
Садити конвалію краще в тих місцях, де він не зможе завдати шкоди рослинам-сусідам: біля паркану, поблизу вдома, на порожніх місцях – одним словом, там, де не ростуть більш вимогливі до умов квіти. Завдяки тому, що коренева система у конвалії поверхнева, їхнє розмноження легко контролювати.
Цікаво, але навіть така поширена квітка, як конвалія, небажано тримати у дитячій кімнаті, оскільки він містить серцеві глікозиди, що негативно впливає на серцево-судинну, нервову системи, а також на шлунково-кишковий тракт.