Стебла рослин зазвичай чотиригранні, прямі або стелиться і укоріняються у вузлах. Головний корінь часто зберігається протягом усього життя рослини або відмирає і заміщається підрядним корінням. У багатьох губоцвітих є кореневища, рідко зустрічаються види, що дають кореневі нащадки.